Изначально игра вышла на Xbox под названием Ninja Gaiden, после чего была переиздана на том же Xbox, но уже как Ninja Gaiden Black. Основной особенностью этого переиздания стали два уровня сложности: Ninja Dog для новичков и Master Ninja для опытных игроков. Режим Ninja Dog был добавлен авторами после многочисленных жалоб от игроков на чрезвычайную сложность игры. Также появился Mission Mode, благодаря которому игроки получили 50 новых боевых миссий. Второе переиздание игры вышло уже на PS3, версия называлась Ninja Gaiden Sigma. В PS3-версии игра получала более детализированную графику благодаря более мощному оборудованию Playstation, а также множество игровых дополнений, например: новые локации, магазины, дополнительные сейв-поинты, возможности сражаться на водной поверхности и стрелять в прыжке, также была добавлена возможность играть за Рейчел в некоторых миссиях. Помимо этого в PS3-версию были добавлены новые вражеские юниты и даже боссы.